严格按照省科技厅软科学研究基地的建设要求，建立和完善充满生机和活力的管理机构与良好的运行机制，在原有相关制度基础上，健全基地规章制度，规范管理。拟定的制度主要包括：《江西省水安全与可持续发展软科学研究基地章程》、《江西省水安全与可持续发展软科学研究基地工作条例》、《江西省水安全与可持续发展软科学研究基地管理条例》、《江西省水安全与可持续发展软科学研究基地校内分学术委员会条例》、《江西省水安全与可持续发展软科学研究基地学术委员会章程》、《江西省水安全与可持续发展软科学研究基地研究人员管理条例》、《江西省水安全与可持续发展软科学研究基地研究人才引进制度》、《江西省水安全与可持续发展软科学研究基地研究人才培养办法》、《江西省水安全与可持续发展软科学研究基地研究人员考核办法》、《江西省水安全与可持续发展软科学研究基地科研管理若干规定》、《江西省水安全与可持续发展软科学研究基地招标项目管理条例》、《江西省水安全与可持续发展软科学研究基地基金使用管理办法》、《江西省水安全与可持续发展软科学研究基地开放性基金（课题）管理办法》、《合作与交流专项经费管理办法》、《江西省水安全与可持续发展软科学研究基地图书资料管理条例》、《江西省水安全与可持续发展软科学研究基地设备管理条例》、《江西省水安全与可持续发展软科学研究基地实验室管理办法》等。